מיום פתיחת חזית הלחימה בגזרה הדרומית, הורתה נציבת בתי הסוהר על כניסת מתקני הכליאה למתכונת חירום, וזאת לאחר קיום הערכות מצב, לשם שמירה על ביטחון מתקני הכליאה ואבטחתם, שלומם ובטחונם של המוחזקים במשמורת וסגל הסוהרים.

במסגרת זו, קבעה הנציבה במסגרת הוראת שעה כי יצומצמו פעילויות השגרה הנערכות בבתי הסוהר, כמו גם התנועות ופעילויות הנערכות בהתקהלות, וזאת בשים לב למצב הבטחוני החריג השורר במדינה ובשים לב להנחיות פיקוד העורף הניתנות מעת לעת.

בעקבות הערכות מצב מבצעיות שמתקיימות מדי יום בראשות הנציבה ובהשתתפות סגל הפיקוד הבכיר של שב"ס, הוחלט על צמצום תנאי המחייה של האסירים הבטחוניים המוחזקים בבתי הסוהר ברחבי הארץ, וזאת מטעמים מבצעיים, לשם שמירה על ביטחון בתי הסוהר וסגל הסוהרים כמו גם על מנת לסכל ולמנוע אכוונת פח"ע מתוך בתי ובתאום עם כלל גורמי הבטחון הרלוונטיים.

כחלק מהמאמצים המבצעיים הורתה הנציבה על כניסת האסירים הביטחוניים למצב "מנעול" (סגורים בתאים) צמצום תנועות ומניעת קשר עם החוץ. בין היתר נקט הארגון בפעולות הבאות מטעמים מבצעיים:

1. מניעת אפשרות הגישה לרכש קנטינה.

2. צמצום פעילויות האסירים הביטחוניים באגפים.

3. הקפאת מוסד הדובר.

4. הפסקת זרימת החשמל בשקעים בתאי הביטחוניים לשם סיכול קשר עם החוץ באמצעים בלתי חוקיים.

5. הוצאת מכשירי החשמל ובכלל זה מכשירי רדיו וטלוויזיה.

6. ניתוק אמצעי התקשורת מהתאים ומהמרחב הציבורי.

מאז תחילת הלחימה תגבר שירות בתי הסוהר את האבטחה סביב מתקני הכליאה ובתוכם, בעזרת לוחמי יחידת נחשון והיחידות המיוחדות של שב"ס וסוהרי ולוחמי הבטחון בארגון, והגביר את פעולות השגרה בהם חיפושים ופעולות פתע מבצעיות.

יחידת העילית של שב״ס-׳מצדה׳, נלחמה מיומה הראשון של הלחימה בעוטף עזה, כתף אל כתף עם כוחות הביטחון מול מחבלים, והעניקה טיפול רפואי ופינוי הפצועים לשטחי כינוס והצילה חיי אדם. נכון לעת הזו, הנחתה נציבת בתי הסוהר על פריסה של צוותי היחידה בכלל המתקנים הביטחוניים בתגבור פעולות מבצעיות ומשימות השגרה.